德川家的统治除了这个高度结构化的等级制度，幕府还通过一套行政系统控制着日本的每一个人，包括天皇、京都的公卿、全日本诸藩大名及其武士家臣。确立于 1635 年的参勤交代制度对控制大名尤其有效。根据这个制度，所有封建领主每隔一年必须在江户居住一年。由于大名们都被迫在将军的都城度过一生中的一半时间，他们自然不得不在江户保留自己的藩邸。领主不在江户时，他的妻子和继承人就必须待在江户的藩邸（实际相当于人质），幕府利用他们确保各藩不会叛变。不仅如此，参勤交代制度还极大地加重了大名们的经济负担（因为他们要花费大量资金维护藩邸，还要经常往返于本藩和江户之间），从而使幕府的统治 加巩固。某些实力强劲的外样大名的经济负担尤其沉重，因为他们的领地通常远离江户。例如，萨摩藩主的领地位于九州 南端，他从藩厅（藩首府）鹿儿岛出发，沿陆路跋涉1000多千米才能到达江户。
除此之外，幕府为确保自身的权力还颁布了三条法律：大船建造禁令（禁止建造远洋船只）、锁国令、禁教令（禁止 教传播）。三者互相加强。禁止建造远洋船只不仅是为了阻止日本人赴海外旅行，也是为了防止潜在的叛乱者从海外输入大批 和部队以挑战幕府的 。通过在17世纪30年代颁布的一系列锁国令，幕府有效阻止了外国人进入日本，而胆敢离开日本者将被处以死刑。
幕府采取锁国政策主要出于两个原因：控制对外贸易、阻止 教传播。 教因为被幕府视为对自身 统治的威胁，于 1615 年遭到禁止。严厉的政策取得了效果。在元治元年（ 1864 年）长州征讨之前，日本在幕府的统治下维持了两个半世纪的和平。
幕府的 统治者是将军。在某些紧急情况下（如他无法统治或者能力不足时），大老（相当于摄政）可以代其统治。将军之下是作为其顾问的老中，通常有四五人，从谱代大名中选出。他们负责处理幕府内部所有政务，包括与公家及其他谱代大名相关的事务。老中之下是若年寄，通常有三到五人，他们的职责是管理旗本武士（将军的武士家臣）。老中直接控制着四五名大目付，他们负责监视大名，同时监督幕府各项事务。听命于老中和若年寄的还有十名目付，他们是若年寄的耳目，负责监视旗本武士的一举一动。
处在幕府官僚体系下一级的是管理都市或处理专门事务的奉行。例如，远国奉行负责处理德川家直接统治的江户、京都、长崎和通商条约签订后开港的下田、横滨、函馆等地的政务。管理财政、法律和 事务的同样是奉行。签订通商条约之后，幕府又设立了新的奉行，包括外国奉行、学问所奉行、军舰奉行以及后来的陆军奉行和海军奉行等。一个奉行职位的定员通常不少于两人，在任者轮流履行职责。这么做是为了防止其中某一个人的权力过大。
统治阶层的革命明治维新和历 许多重要革命的区别在于，它是由作为统治阶层的武士发起的。德川幕府治下武士的历史十分有趣。德川家康取得政权后，意识到自己虽然能够“马背上取天下”，但是不能“马背上治天下”。接下来两个半世纪的和平期里，负责处理政务的武士拥有 高的地位（和收入），而那些致力于习武的人俸禄较低。
在江户文化的鼎盛期和 19 世纪上半叶的衰退期，许多武士或浪荡于久负盛名的 之地，或流连于华丽的歌舞伎剧院。有些人醉心舞蹈和音乐，忽视了剑术和其他武艺的训练。 18 海舟写道，经过两个多世纪的和平之后：［旗本武士］安心享用自己的俸禄，以自己的身份为傲；在 的政治生活中有了一席之地后，他们在奢华的宅邸过着轻松的生活，久而久之便丧失了不屈不挠的精神，变得自负、 软弱， 终成了无用之徒。
不过，在工业化迅猛发展、技术快速革新的欧洲和美国面前（四处横冲直撞的蒸汽船便是明证），幕府的锁国政策难以为继，日本的和平时代行将结束。到了1818年，大英帝国已经征服了印度的大片土地。 1842年，根据 次鸦片战争后签订的《南京条约》，香港被割让给英国，清朝被迫开放五口通商。1844年，清朝又和美法两国签订了类似条约。
这些发生在邻国的事件使受过教育的武士阶层察觉了西方帝国主义对亚洲的企图。1853年，当佩里的战舰闯入江户湾时，西方的野心暴露无遗。日本自此步入近代。随之而来的是长达四分之一个世纪的灾难期，社会剧变导致德川幕府倒台，武士的生活方式 终成为历史。佩里来航后，日本大致存在两派思潮，如果用他们各自的口号加以概括，分别是开国派和尊王攘夷派。主张开国的主要是幕府及其支持者。他们认为，在 拥有现代化的工业和军事力量之前，攘夷只是空谈。因此他们主张日本必须与外国通商，引进外国的技术和思想。
主张尊王攘夷的主要是日本各地的尊王攘夷派。他们的思想基础是国学和理学，也就是德川时代的 意识形态。理学是由中世的禅宗僧人从中国引入日本的一种思想，主张“君臣有义”，认为社会的和谐应当通过仁慈的君主和服从的臣属之间公正、互惠的关系来维持。
受理学思想支配的日本社会被严格分为士农工商四个等级，每个人都要按照规定履行自己的社会义务。农民的义务是在田间挥洒汗
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