在当前中华文明探源研究中，我们在实物遗存的发现、材料的科学分析，乃至文化遗产的保护与利用方面，都做得 出色。但是，相较而言，理论研究就逊色不少。本书就是围绕中华文明起源所做的系列理论思考，抛砖引玉，希望能够促进有关理论研究的发展。本书主体内容大体可以分为五部分。
部分（第1章）侧重于讨论考古学的意义。对于熟悉我或者考古学专业的读者而言，可能是老生常谈，可以略过。考虑到部分读者可能并不那么熟悉考古学，因此，这里不厌其详地探讨了考古学的独特视角，揭示它在认识人本身与人类社会演化，以及在认识我们作为中国人上的重要意义。我们之所以是中国人，根本在于文化意义的传承，而其主要载体正是考古学的研究对象—实物遗存。这也是考古学要研究中华文明起源的重要原因之一，令人遗憾的是，这个原因常常被忽视，至今也还没有建立起很好的研究路径。
第二部分（第2、3章）关注的是一些基础理论问题。究竟什么是文明？如何定义文明？我们为什么会这么定义文明？要回答这些问题，首先要厘清文化与文明、文明与社会的关系。这里把文明看作文化发展的一个阶段、一种状态、一类形式。文明是人类社会现象，需要从人类社会演化的历史进程中来理解，因此，与之相应，文明有了三个维度的含义：是一个具有时空意义的历史阶段，也是一种社会组织演化的状态，同时还是一类社会存在的形式。目前的考古学研究主要侧重于 个维度，正在向第二个维度深入，相对忽视第三个维度。 一个维度也就是人文的维度，对于中华文明探源来说，所关注的是作为中华民族身份认同的中华文明，即文化意义上的中华民族是怎么形成的。
深入文明的定义之中，我们会发现中西方文明所立足的观念基础存在区别。在文明发生的初期，整体/集体导向与个体导向其实都存在于中西方文明中，但是随着历史的发展，中西方文明选择了不同的发展道路，中华文明选择了前者，西方文明选择了后者，这样的差别可以追溯到文明起源之初。究其原因，离不开各自的生产方式。文明就是农业社会发展的产物，全世界的文明无一例外，农业生产方式的不同深刻影响了中西方文明的特征，这种影响一直持续到现在。
第三部分（第4、5、6、7章）是全书的主体，侧重于讨论中华文明演化的阶段、格局、模式与节奏。中华文明演化经历了怎样的发展过程呢？我没有局限在新石器时代，而是从旧石器时代狩猎采集社会开始展开论述。这与我个人的学术训练相关，在硕士研究生阶段我的研究方向是旧石器考古，博士论文方向是旧新石器时代过渡，如今进入文明起源阶段。长时段的考察也是考古学的优势，这样 有利于我们把握历史趋势、理解历史进程。从长时段的视角来看，文明并不是在新石器时代或农业社会才开始萌芽的，而是至少可以追溯到旧新石器时代过渡时期。
长时段本身是一种宏观的考察视角，必然带来对中华文明格局的关注。我首先从史前人类文化发展的格局谈起，然后转向中华文明格局的考察。总体来看，人类文明发展有三个独立的中心：西亚、中南美洲、中国。之所以这样区分，根本原因在于三者对应着三大主要的农业起源中心。中南美洲的农业体系缺乏合适的驯化动物，本身就比较脆弱，这也是其难以抵抗西方殖民侵略的原因之一。西亚的农业扩散到尼罗河流域、印度河流域，还有欧洲，古埃及文明、印度河流域文明、古希腊文明在此基础上形成。但是这几个文明中心之间距离遥远，其间还分布有显著的地理障碍，文明发展一直未能实现融合。值得注意的是，以西亚为基础的农业体系本身分化为相互矛盾的谷物种植与畜牧，需要依赖交换，由此 有利于发展以个体为导向的文明，但是这种发展不利于文明的融合统一。
我们在考察中华文明的形成过程时，通常都会特别强调其“多元一体”的特征。一体化是融合，多元就是分化发展。中华文明在形成过程中曾有过分化发展的阶段，并形成了若干个具有不同特点的文明起源中心，而且具有先边缘、后中心的发展趋势，文中我提出了一个边缘发展理论来解释这种现象。多元化发展需要追溯到旧新石器时代过渡时期，在此基础上，距今8 500年前后，形成了新石器时代的若干文化区系，正是在这些文化区系中，先后以不同的模式形成了各具特点的区域早期文明。距今6 000年前后，文明化进程加速，区域文明中心逐渐形成；与此同时，文化意义上的中国形成。然后，通过将近2 000年的相互交流，这些早期文明在4 000多年前 终融合成一个统一的王朝文明，正式开启以中原为中心的文明发展格局。
在文明发展过程中，分化、融合、扩散始终是存在的，只是不同时期的主要趋势有所区别。分化、融合、扩散，本身也是人类文化发展的基本节奏，文明作为文化的一个部分，自然也有这样的节奏。中华文明形成过程可分为三个特征明显的阶段：分化、融合、扩散。追溯这样的发展过程，让我们认识到，中华文明的起源不是一个突然出现的事件，而是一个长期的过程，是一个有独特节奏的“三部曲”，
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