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醉染图书生物信息学9787308171472
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绪论
节生物信息与生物信息学
一、迅速增长的生物信息
二、生物信息学的概念
第二节生物信息学简史与展望
一、生物信息学发展简史
二、生物信息学技术的应用
三、生物信息学学科展望
第三节本书的组织与使用
篇生物信息学基础
-1章生物信息类型及其产生途径
节生物信息的类型
第二节DNA测序技术
一、代测序技术
二、第二代测序技术
三、第三代测序技术
第三节高通量测序技术的应用
一、DNA/RNA相关测序
二、蛋白质-DNA/RNA互作测序
三、甲基化/宏基因组测序
第四节蛋白质序列及其结构测定
一、蛋白质序列与蛋白质互作测定
二、蛋白质结构测定
-2章分子数据库
节子数据库概述
一、分子数据库概念
二、数据库记录格式
三、数据库冗余、序列递交和检索
第二节核苷酸及其相关数据库
一、DNA/RNA序列数据库
二、基因组数据库
三、非编码RNA数据库
第三节蛋白质及其相关数据库
第四节代谢途径等专业数据库
一、代谢途径数据库
二、代谢组学数据库和表型数据库
-3章两条序列联配算法及序列搜索
节序列联配基本概念
第二节计分矩阵
一、计分矩阵的一般原理
二、氨基酸替换矩阵
三、位置特异计分矩阵(PSSM)
第三节两条序列联配算法
一、Needleman-Wunsch算法
二、Smith-Waterman算法
第四节BLAST算法及数据库搜索
一、BLAST算法
二、利用BLAST进行数据库序列搜索
三、序列相似的统计推断
-4章多条序列联配算法及功能域分析
节多序列联配概念及其算法
一、多序列联配概念
二、多序列全局联配算法
三、多序列局部联配算法
第二节蛋白质序列功能域分析与模型
一、功能域概念
二、功能域模型
第三节熵与信息量
一、不确定与信量
二、信息熵的应用
-5章基因预测与功能注释
节基因组序列构成与基因预测
一、基因组序列的基本构成
二、基因预测及其基本方法
三、基因注释流程
第二节从头预测--隐马尔可夫模型(HMM)方法
一、马尔可夫和隐马尔可夫模型
二、隐马尔可夫模型问题及其算法
三、HMM基因预测模型及其应用
第三节贝叶斯统计及其在基因预测方面的应用
一、贝叶斯统计与生物信息学
二、利用贝叶斯统计进行基因预测
第四节基因功能注释
一、利用序列和结构域数据库进行注释
二、利用功能分类和代谢途径信息进行注释
第五节基因序列构成分析
一、碱基构成与分布
二、DNA行走与Z曲线
三、同向重复序列分析
四、蛋白质序列跨膜等特征分析
-6章系统发生树构建
节系统发生树与遗传模型
一、系统发生树概述
二、遗传模型
第二节距离法
一、非加权平均连接聚类法(UPGMA法)
二、Fitch-Margoliash算法
三、邻接法(NJ法)
第三节简约法
第四节似然法
一、DNA序列的似然模型
二、两条序列系统发生树
三、三条及多条序列系统发生树
第五节基因组组分矢量方法
一、组分矢量方法(CVTree算法)
二、基因组关联“距离”与系统发生树构建
-7章蛋白质结构预测与药物设计
节蛋白质结构概述
一、蛋白质结构及其预测
二、蛋白质结构数据库
三、蛋白质结构主要预测工具
第二节蛋白质二级结构预测
一、蛋白质二级结构预测方法
二、结构预测实例
第三节蛋白质三级结构预测
一、同源建模法
二、折叠识别法
第四节计算机辅药物设计
一、间接药物设计
二、直接药物设计
-8章生物信息学计算机基础
节使用Unix/Linux操作系统
一、Unix/Linux操作系统及其结构
二、LinuxShell常用命令
第二节掌握一门计算机编程语言
一、计算机编程语言
二、Python语言
三、R语言
四、MySL语言
第三节并行与自动化
一、并行式计算
二、并行化模型及其实例
第四节
一、算法
二、可视化与画图
始第二篇高通量测序数据分析
2-章基因组拼接与分析
节基因组序列拼接概念
一、基因组短序列拼接问题
二、基因组从头拼接主要方法
三、利用遗传图谱等进行基因组纽装
第二节基于图论的拼接算法
一、图论
二、基于德布鲁因图的拼接算法
第三节第三代测序数据拼接方法
第四节基于字符串(K-mer)的基因组调查与分析
一、基因组大小估计
二、基因组复杂度估计
三、基因组“肖像”及缺失字符串分析
第2-2章基因组变异与分析
节基因组变异类型与检测方法
一、基因组遗传变异类型
二、基因组变异检测方法
第二节基因组重测序及其应用
一、基因组重测序应用领域
二、基因组重测序数据分析
第-章转录组分析
节转录组测序与拼接
一、转录组及其技术平台
二、转录组序列拼接
第二节基因表达分析
一、差异表达基因的鉴定
二、差异表达基因富集分析
第三节可变剪切和基因融合分析
一、基因可变剪切
二、融合基因
第2-4章非编码RNA分析
节非编码RNA简介
一、非编码RNA类型与功能
二、非编码RNA进化
三、样品采集及其测序方法
四、非编码RNA主要数据库
第二节小RNA计算识别与靶基因预测
一、miRNA主要特征及计算识别
二、siRNA主要特征及计算识别
三、miRNA和siRNA靶基因预测
第三节长非编码RNA鉴定与功能分析
一、线IncRNA鉴定
二、环化RNA鉴定
三、IncRNA功能预测
第2-5章甲基化与组蛋白修饰分析
节表观遗传机制概述
第二节甲基化测序与分析
一、甲基化测序原理
二、生物信息学分析方法
第三节组蛋白修饰测定与分析
一、组蛋白样品的制备
二、组蛋白修饰分析方法
第2-6章宏基因组分析
节宏基因组及其分析方法
一、宏基因组概述
二、宏基因组学技术的应用
第二节16SrDNA序列分析
一、质控与分析流程
二、物种多样分析
三、群落结构分析
第三节全基因组序列数据分析
一、分析内容与流程
二、基因预测及功能注释
第2-7章蛋白质组分析
节蛋白质组学概述
一、蛋白质组及其分析
二、高通量分离和鉴定技术
第二节双向电泳图像与质谱组合分析
一、胶图获取与分析
二、利用指纹图谱鉴定蛋白质
第三节质谱数据采集与分析
一、质谱数据采集策略
二、肽段数据库搜索与质量控制
第四节定量蛋白质组分析
一、同位素标记定量分析
二、非同位素标记定量分析
……
第三篇生物信息学外延与交
参考文献
樊龙江,浙江大学生物信息学研究所和作物科学研究所教授,生物信息学和作物遗传育种专业博士生导师。“世纪很好人才支持计划”获得者,浙江省生物信息学学会副理事长,德国DAAD访问学者。自2000年起,直接参与浙江大学生物信息学学科筹建,为浙江大学靠前批生物信息学专业导师。
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