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全新正版来自基因组的一些数学9787542863317上海科技教育出版社
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序言
章 DNA测序和基因组时代
1.1 发现DNA和它的遗传载体功能
1.2 DNA的测序技术
1.3 人类基因组计划
1.4 新一代测序技术
第二章 粗粒化和视像化
2.1 粗粒化与符号描述
2.2 香农信息论第三定理
. 视像化
2.4 DNA序列形象表示的早期工作
2.4.1 DNA的混沌游戏表示
2.4.2 一维和二维DNA行走
2.4.3 DNA序列的Z曲线表示
第三章 细菌基因组中的短串分布
3.1 细菌基因组中短串分布的直方图
3.2 冗余缺失串和真正的缺失串
3.3 基因组序列的随机化
3.4 基因组随机化后的短串分布直方图
3.5 基因组序列的概率模型
3.6 几种离散的概率分布
3.6.1 伯努利分布
3.6.2 二项式分布
3.6.3 泊松分布
3.6.4 几何分布
3.6.5 Lander Waterman曲线
3.7 基因组随机化以后短串分布的期望值曲线
第四章 细菌基因组中的缺失字串
4.1 阿凡提算法
4.2 短核苷酸分布组成的细菌“肖像”
4.3 K框架中的一些线条
4.4 分形和分维
4.5 “肖像”背后的分形和分维
4.6 素数个位数分布的非随机
4.7 细菌“肖像”与DNA的混沌游戏表示
4.8 细菌基因组中缺失短串可能的生物学意义
第五章 G—J集团方法
5.1 Goulden-Jackson集团方法
5.2 集团的权重函数:产水菌
5.3 集团的权重函数:大肠杆菌
5.4 集团的权重函数:闪烁古生球菌
5.5 马尔可夫链
5.6 嵌入马尔可夫链
第六章 可因式化语言的应用
6.1 统计语言学和代数语言学
6.2 形式语言概要
6.3 乔姆斯基系统
6.4 林登梅耶系统
6.5 可因式化语言
6.6 冗余缺失串数目的形式语言解
第七章 在基因组中寻找基因
7.1 cDNA和训练数据集
7.2 真核生物的基因结构
7.2.1 “点”信号
7.2.2 “片段”信号
7.3 “点”信号的统计描述
7.4 “片段”信号的马尔可夫链模型
7.5 “点”信号和“片段”信号的组合
7.6 隐马尔可夫模型
7.7 动态规划方法
7.8 找基因程序的局限和缺点
第八章 从细菌基因组到亲缘关系
8.1 细菌的亲缘关系与分类
8.2 达尔文演化理论和“生命之树”
8.3 基于16S rRNA序列的细菌演化和分类研究
8.4 基于细菌基因组的组分矢量方法
8.4.1 CVnee方法
8.4.2 减除手续
8.4.3 关联“距离”和构树
8.4.4 减除手续突出物种特异
8.5 距离和超度规
8.6 亲缘树正确的检验
8.7 肽段长度K的意义和选择
8.8 CVnee方法的两大应用
8.8.1 细菌的大范围分类
8.8.2 亚种以下菌株的高分辨力
第九章 符号序列重构的
9.1 序列重构数与图论中欧拉圈数的关系
9.2 序列重构的形式语言解
9.2.1 重构序列与可因式化语言
9.2.2 识别重构序列的有限状态自动机
9.3 具有巨大重构数目的蛋白质
附录:本书提到的几个程序
1 绘制细菌“肖像”的SeeDNA程序
2 二维DNA行走程序DNAWalk
3 寻找水稻基因的BGF程序
4 从基因组数据构建亲缘关系的CVnee程序
5 欧拉圈程序ModifledBEST
6 判断重构的有限状态自动机
参考文献
郝柏林,1959年于苏联哈尔科夫国立大学物理数学系。曾任物理研究所和理论物理研究所研究员。1980年当选数理学部委员(院士),1995年当选发展家院十。2002年以来任复旦大学理论生命科学研究中心主任。2005-2011年任美国圣菲研究所外聘教授。主要从事理论物理、计算物理、非线科学和理论生命科学研究。曾多次获得部委级科学技术奖,1993年和2000年两次获得自然科学奖二等奖,2007年获得科技进步奖二等奖。2001年获何梁何利科学技术进步奖物理学奖。 1997年以来从事生物信息学和理论牛命科学研究。他勤于笔耕,其著述目录和部分可供下载的作品见个人网页:http://www.itp.ac.cn/~hao/
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