全新正版泡桐丛枝病发生的表观遗传学9787030732644科学出版社

目录

章  绪论1

节  植物植原体病害  1

一、植原体的发现及特征  1

二、植原体的分类及检测方法  1

三、植原体病原研究进展  2

四、植原体致病机理研究  3

第二节  泡桐丛枝病研究进展  7

一、泡桐丛枝病概述  7

二、泡桐丛枝病研究概况  8

第三节  表观遗传学研究进展  10

一、染色质三维构象的研究  10

二、m6A甲基化修饰  15

三、染色质开放  21

四、DNA甲基化  22

五、组蛋白修饰概述  26

六、蛋白质翻译后修饰  31

七、植物病害发生与ceRNA变化  37

第四节  研究意义  40

第二章  泡桐丛枝病发生模拟系统的建立  42

节  不同处理条件下泡桐幼苗形态和丛枝植原体含量变化  42

一、不同处理条件下泡桐幼苗形态变化  42

二、不同处理条件下泡桐幼苗丛枝植原体含量变化  43

第二节  泡桐丛枝病发生模拟系统的研究  46

一、丛枝病幼苗形态与植原体含量变化的关系  46

二、泡桐丛枝病发生模拟系统的建立  46

第三章  丛枝病发生与白花泡桐染色质三维结构变化的关系  48

节  植原体入侵与白花泡桐染色质三维结构变化的研究  48

一、Hi-C数据处理与分析  49

二、白花泡桐全基因组染色质相互作用的高分辨率3D图谱  51

三、丛枝植原体入侵后白花泡桐染色质三维结构的差异  53

四、染色质三维结构中A/B区室的鉴定及转换  56

五、拓扑相关结构域（TAD）的鉴定  58

六、染色质环的鉴定及变化  59

七、白花泡桐染色质三维结构模型的构建  60

第二节  植原体对白花泡桐染色质结构和基因表达变化的影响  62

一、植原体入侵白花泡桐后染色质结构变化与基因表达的关系  63

二、联合分析受染色质结构、组蛋白修饰和转录调控变化影响的基因  70

第四章  丛枝病发生与泡桐m6A的变化关系  74

节  白花泡桐m6A测序数据分析  75

一、m6A测序数据统计分析  75

二、丛枝病苗m6A图谱构建及m6A peak分析  76

三、m6A基序的鉴定  80

四、丛枝植原体对白花泡桐基因表达的影响  80

五、MeRIP-qRT-PCR验  81

六、m6A修饰影响选择剪接  81

第二节  丛枝病发生对m6A甲基化修饰基因的影响  83

一、m6A测序与转录组测序的关联分析  83

二、丛枝病发生特异相关的甲基化修饰基因分析  84

三、STM、CLV2维持茎端分生组织的稳定受m6A修饰的调控  85

第五章  丛枝病发生与泡桐染色质可及的变化关系  87

节  ATAC-Seq测序数据分析  88

一、ATAC-Seq测序数据统计和质量评估  88

二、ATAC-seq的peak分析  89

三、样本间的开放差异分析  92

第二节  植原体侵入导致的泡桐染色质开放差异调控区关联转录因子分析  94

一、植原体感染导致的差异调控区分析  94

二、泡桐丛枝病的发生受多种转录因子调控  95

第六章  丛枝病发生与DNA甲基化的变化关系  97

节  不同试剂处理对白花泡桐丛枝病幼苗DNA甲基化的影响  98

一、MMS处理对白花泡桐丛枝病幼苗DNA甲基化的影响  98

二、利福平处理对白花泡桐丛枝病幼苗DNA甲基化的影响  107

第二节  丛枝病发生与基因表达的变化关系  116

一、MMS处理对白花泡桐丛枝病幼苗基因表达的影响  116

二、利福平处理对白花泡桐丛枝病幼苗基因表达分析  126

三、WGCNA共表达分析  135

四、与丛枝病相关基因的筛选  140

第三节  丛枝病发生与DNA甲基化基因表达变化的关系  140

一、DNA甲基化对基因表达的影响  141

二、DNA甲基化差异基因的功能分析  142

三、基于转录组和DNA甲基化组的丛枝病相关基因的筛选  142

四、qRT-PCR验  145

五、BS-PCR验  147

第七章  丛枝病发生与组蛋白修饰变化的关系  150

节  丛枝病发生与组蛋白甲基化的关系  150

一、植原体入侵对白花泡桐形态和组蛋白甲基化修饰的影响  150

二、ChIP-Seq数据处理与比对统计  152

三、组蛋白甲基化修饰的全基因组分布模式  154

四、丛枝病发生和恢复过程中组蛋白甲基化修饰水平的动态变化  157

五、丛枝病发生和恢复过程中基因表达水平的动态变化  166

六、组蛋白甲基化修饰对基因表达的影响  168

第二节  丛枝病发生与组蛋白乙酰化的关系  172

一、植原体入侵对白花泡桐组蛋白乙酰化修饰的影响  173

二、ChIP-Seq数据处理与比对统计  173

三、组蛋白乙酰化修饰的全基因组分布模式  174

四、丛枝病发生和恢复过程中组蛋白乙酰化修饰水平的动态变化  177

五、组蛋白乙酰化修饰对基因表达的影响  182

第三节  丛枝病发生与组蛋白甲基化和乙酰化修饰酶的变化分析  186

一、PfHM基因家族的鉴定  186

二、PfHM基因在染色体上的分布  193

三、PfHM基因家族系统进化和保守结构域分析  195

四、PfHM基因在物种中的同源基因分析  201

五、PfHM基因响应植原体入侵的表达模式  203

第八章  丛枝病发生的蛋白质组学研究  207

节  泡桐丛枝病发生与定量蛋白质组测序  207

一、定量蛋白质组学基本信息  207

二、蛋白质功能分析  208

第二节  泡桐丛枝病发生相关蛋白质的筛选  209

一、转录组与蛋白质组关联分析  209

二、非编码RNA与蛋白质组关联分析  212

三、响应植原体入侵的差异蛋白质鉴定  213

第九章  丛枝病发生的非组蛋白修饰变化研究  218

节  白花泡桐丛枝病发生与磷酸化  218

一、磷酸化位点、肽段及蛋白质的鉴定  218

二、泡桐磷酸化蛋白功能分析  219

三、磷酸化位点motif分析及序列二级结构分析  220

四、保守磷酸化蛋白鉴定  222

五、蛋白激酶预测  222

六、差异磷酸化蛋白及磷酸化位点鉴定  224

七、丛枝病发生相关磷酸化蛋白鉴定  225

第二节  泡桐丛枝病发生与乙酰化  228

一、泡桐总蛋白乙酰化Western blot检测  228

二、乙酰化位点、肽段及蛋白质的鉴定  229

三、泡桐乙酰化蛋白功能分析  0

四、乙酰化位点motif及序列二级结构分析  2

五、保守乙酰化蛋白鉴定  5

六、响应丛枝植原体侵染的差异乙酰化蛋白鉴定  

第三节  泡桐丛枝病发生与巴豆酰化  240

一、总蛋白巴豆酰化Western blot检测  240

二、巴豆酰化位点、肽段及蛋白质的鉴定  241

三、巴豆酰化蛋白功能分类、motif及二级结构分析  242

四、保守巴豆酰化蛋白的鉴定  245

五、差异巴豆酰化修饰蛋白的鉴定  245

六、蛋白磷酸化、乙酰化和巴豆酰化修饰相互作用  249

第十章  丛枝病发生与泡桐ceRNA变化关系  254

节  丛枝病发生与ceRNA表达谱分析  254

一、白花泡桐转录本表达谱  255

二、泡桐miRNA表达谱  260

三、白花泡桐lncRNA表达谱  266

四、白花泡桐circRNA表达谱  272

第二节  丛枝病发生特异相关ceRNA研究  280

一、丛枝病发生特异相关RNA的鉴定281

二、白花泡桐丛枝病发生特异相关ceRNA网络的构建及分析  296

三、白花泡桐丛枝病发生特异相关ceRNA的qRT-PCR验  303

四、miR156f及其靶基因PfSPL3的功能验  304

第三节  丛枝病发生与特异相关miR156f的分子功能分析  304

一、miR156f与PfSPL3的关系  305

二、miR156f的模拟靶标  306

三、丛枝病发生特异相关miR156f靶基因SPL3互作蛋白  306

四、PfSPL3调控基因预测  312

参考文献  314

本书以寄主泡桐作为研究切入点，研究泡桐丛枝病发病期间染色质三维结构的差异；构建了泡桐DNA甲基化和m6A图谱，研究与丛枝病发病相关的基因与DNA甲基化水平的变化关系，探究泡桐丛枝病发生和恢复过程中组蛋白甲基化和组蛋白乙酰化的动态变化，鉴定泡桐基因组中组蛋白甲基化和乙酰化相关的修饰酶；阐明了丛枝病发生过程中的ceRNA调经网络，揭示了与丛枝病发生相关的基因及调控途径。本书对泡桐和植物的发病病理研究，林木遗传改良及功能基因的研究具有很好的借鉴意义。