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全新资源转录组分析操作指南袁媛,黄璐琦 主编9787547830130
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篇理论篇一、资源转录组概述(一)转录组的研究目标(二)转录组的研究方法(三)资源转录组研究现状(四)资源转录组研究展望二、同源基因功能分化与活成分变异机制(一)同源基因的正确注释是研究药用植物活成分变异的重要前提(二)重复基因的功能分化是形成药用植物活成分变异的基础(三)药用植物基因功能分化决定其活成分的变异三、功能EST—SSR标记(一)功能EST~SSR的基本概念(二)功能EST—SSR的开发流程(三)功能EST—SSR的优势(四)功能EST—SSR标记在资源中的应用(五)药用植物功能EST—SSR标记展望第二篇技术篇一、转录组数据的组装实验一样品收集与保存实验二RNA提取实验三mRNA分离纯化实验四Solexa文库制备实五上测序实验六转录组数据组装实验七转录组数据功能注释二、基因克隆及表达分析实验八基因克隆实验九基因表达分析实验十共表达分析三、数据库使用及生物信息学分析实验十一核酸数据库及其使用实验十二蛋白质数据库及其使用实验十三代谢数据库及其使用实验十四文献数据库及其使用实验十五NCBI序列数据的提交实验十六多序列对位排列分析实验十七系统发育分析实验十八核酸序列的分析和转换实验十九基因开放阅读框预测实验二十蛋白质理化质预测实验二十一蛋白质亚细胞定位信号预测实验二十二蛋白质信号肽和跨膜结构域预测实验二十三蛋白质二级结构和三级结构预测四、SSR标记开发实验二十四SSR位点开发实验二十五SSR引物设计实验二十六基因组DNA提取实验二十七琼脂糖凝胶电泳实验二十八非变聚丙烯酰胺凝胶电泳实验二十九SSR数据统计实验三十SSR数据分析第三篇实践篇一、金银花转录组与质量评价标记筛选二、地黄根部转录组文库的构建及响应连作障碍关键基因的筛选三、比较转录组学和代谢组学相结合研究丹参酮生物合成分子机制四、罗汉果果实转录组测序的研究五、基于转录组测序揭示适度干旱胁迫对甘草根基因表达的调控六、基于黄芩cDNA文库的功能EST—SSR标记开发七、茯苓转录组SSR序列特征及其功能预测八、川西獐牙菜(藏茵陈)转录组SSR信息分析九、厚朴MVA途径相关基因鉴定及生物信息学分析十、三七香叶基香叶基焦磷酸合酶基因的克隆及表达分析
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