目录
**章 系统生物学是新一代临床医学研究的范式 1
1.1 临床研究为什么需要系统生物学 1
1.2 临床系统生物学的定义：复杂生物系统的研究哲学 2
第二章 经典临床统计学的困境与范式转变 5
2.1 经典临床统计学派及对近二十年临床研究的影响 5
2.2 **代循医学方的困惑 7
. 概率——学习朴素贝叶斯分布 19
第三章 医学科学研究的哲学：从解剖学到系统生物学的演进 35
3.1 医学研究哲学：对疾病的认识及临床医学研究的缘起 35
3.2 本体论及其对生物医学研究哲学的影响 40
第四章 进化生物学与疾病研究：进化医学的发展——以病毒准种为例 44
4.1 什么是进化 44
4.2 为什么进化生物学对于疾病研究十分重要 45
4.3 准种进化研究在传染病预防和治疗上的意义 49
第五章 经典药物研发面临的困境和挑战 53
第六章 医学发表体系与医学研究的困境 58
6.1 CNS对数据分析的导向 59
6.2 大数据时代发表体制的变革之道 60
第七章 分析医学：数据科学、物理学和临床医学的新综合 62
7.1 分析医学的源起：肿瘤研究的困境 62
7.2 经典肿瘤研究的哲学基础 63
7.3 分析医学：哲学基础与概念框架 64
7.4 分析医学：数学概念与框架模型 65
7.5 肿瘤分析医学的发展路线图 67
7.6 结论 68
第八章 医疗大数据 70
8.1 医疗信息化 70
8.2 医疗数据综述 73
8.3 医疗大数据基础架构 74
8.4 医疗大数据分析 85
8.5 医疗大数据的展望 89
第九章 临床数据挖掘 93
9.1 什么是临床数据挖掘：基本理论与概念 93
9.2 数据挖掘的基本思路 95
9.3 临床数据挖掘的目的 96
9.4 临床数据挖掘的过程 96
9.5 数据挖掘与示例一 104
9.6 数据挖掘与示例二：分类挖掘 113
第十章 R语言：下一代生物医学研究和临床数据挖掘的重要工具 142
10.1 R语言概述 142
10.2 R语言基础与入门 145
10.3 数据库初步 186
10.4 R语言在临床数据挖掘中的应用 190
10.5 高维数据的生存分析方法 197
10.6 创伤数据库与分析 207
十章 MATLAB语言：生物医学中数据处理和建模研究的另一重要工具 217
11.1 MATLAB软件系统构成 218
11.2 MATLAB中的函数 220
第十二章 代谢组学：系统生物医学研究的一种范式 2
12.1 临床代谢组学的过去、现在与未来 2
12.2 1H￣NMR代谢组学的分析流程：从实验到数据处理的常规操作 227
1. 创伤后随时间变化的代谢指纹图谱模式识别
12.4 从代谢型到复杂代谢网络分析 248
12.5 代谢组学研究的**应用 250
12.6 混合物解谱的挑战 252
第十三章 代谢表型在恶肿瘤与急危重病研究中的应用 258
13.1 食管癌患者术前病理分期预测模型的研究 258
13.2 基于血浆1H-NMR波谱的急危重症患者死亡早期预测模型 264
第十四章 转录组学研究：从测序数据处理到基因调控网络分析 282
14.1 测序数据处理 282
14.2 基因调控网络分析 288
第十五章 基于模式识别建立的动脉钙化影像计算机辅诊断系统 298
15.1 材料与方法 298
15.2 结果 301
15.3 讨论 302
后记 305
曾俊，男，主任医师，教授，现任四川省医学科学院·四川省人民医院院长理，四川省急救中心主任，兼急诊医学与灾难医学研究所所长。科技大学医学院、川北医学院硕士导师。从事普外科、急诊外科及创伤外科临床工作30年．是靠前知名的大型突发公共卫生事件救援、创伤一体化救治专家。多次担任专家组组长，并在5·12汶川、4·20雅安芦山、4·14玉树及4·25尼泊尔地震救援中做出了突出贡献，被评为四川省劳模。在4·25尼泊尔地震援外救援工作中，参加中国医疗队，表现突出，荣获“四川省五一劳动奖章”，荣立集体三等功。享受特殊津贴，是四川省卫生与计划生育委员会学术技术带头人、四川省学术和技术带头人后备人选、四川省有突出贡献很好专家。在SCI、MEDLINE及中文核心期刊发表40余篇，出版专著2部，主持开发危重症预后预警计算机软件1项。主持和省部级科研项目17项。学术任职包括：中国医学救援协会灾害救援分会副会长，中华医学会急诊医学分会创伤学组委员，四川省医学会灾难医学专业委员会前任及候任主任委员，四川省医学会急诊医学专业委员会副主任委员及创伤急救学组组长。
江华，男，医学博士，外科副主任医师，副教授。四川省医学科学院·四川省人民医院创伤代谢组多学科实验室副主任，兼急诊医学与灾难医学研究所副所长。科技大学医学院硕士导师，北京协和医院肠外与肠内营养科、第三军医大学全军烧伤研究所客座教授。从事临床和基础医学研究17年，研究领域涉及创伤、营养与代谢、循医学艾滋病、计算生物学、统计学、病毒分子进化以及计算生物学等多个学科。是靠前较早从事医疗大数据及临床系统生物医学研究的青年专家之一，已发表科研90余篇，其中SCI17篇。2015年当选为美国创伤外科学会会士(Fellow of American Association for the Surgery of Trauma)。学术团体任职包括：中华医学会肠外与肠内营养学分会青年委员、中国抗癌协会肿瘤营养与代谢专委会委员兼副秘书长、中国医师协会营养医师分会务员、中国医促会营养与代谢管理分会务员、中国老年医学学会营养与食品安全分会务员、四川省急诊医学专委会青年委员会副主任委员等。被四川省卫生与计划生育委员会授予“学术技术带头人后备人选(十批)”及“创业青年”荣誉称号。
杨浩，男，理研究员，数学硕士，南开大学数学系算学博士。四川省医学科学院·四川省人民医院创伤代谢组多学科实验室计算科学与生物统计学教研组组长。研究方向为计算科学与复杂生物建模与计算。主持院级1项，发表SCI5篇，中文核心期刊10余篇。
评论
本书拟基于科技大学附属医院·四川省人民医院创伤代谢组多学科实验室及加州大学旧金山分校创伤实验室近5年在外科系统生物医学和转化医学研究领域的研究成果，结合国内研究现状，系统、全面的阐述适用于临床研究的系统生物医学原理、方和技。
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