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正版新书]DNA微阵列实验指南D.鲍特尔9787030172990
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译者序原著序前言原著作者名单章 点样微阵列探针的生成 导言 方案 1.cDNA克隆集的复制和储存 ?附加方案:使用冷冻菌种 2.来自细菌克隆集探针的PCR扩增 ?可选方案:作为扩增模板的质粒DNA的制备 3.PCR产物的纯化 ?可选方案:用乙醇沉淀法纯化扩增产物 4.PCR产物的观察和评估 ?附加方案:用PicoGreen进行定量 5.点样法阵列备用DNA的重新悬浮及储存 6.从酵母中分离和扩增用于阵列的材料信息栏 克隆集 点样微阵列中使用的对照 基因组和cDNA文库中T1噬菌体的预防和检测 长链寡核苷酸的点样:替代用于表达分析的cDNA阵列 酵母探针参考文献因特网资源第2章 玻璃微阵列的点样 导言 方案 1.制备用于微阵列的聚L-赖氨酸玻片 2.在玻片上点样 3.检查印刷玻片的质量 ?替代方案:利用标记的引物杂交 4.鹅毛笔针的保养与清洗信息栏 微阵列接触印刷使用的点样仪与点样针 用于点样的基底参考文献因特网资源第3章 RNA的表达分析 导言PART Ⅰ RNA分离 导言 方案 1.来自哺乳动物组织和细胞的总RNA的纯化 ?替代方案:从OCT包埋的病理样品中提取RNA 2.用FastPrep仪器从组织中分离总RNA 3.用TRIzol从植物组织中分离总RNA 4.松树方法分离植物RNA 5.用FastTrack分离poly(A)+RNA 6.分离膜结合的多核糖体RNA 7.用批量制备色谱法分离poly(A)+RNA 8.用CsCl溶液超速离心分离RNA 9.酵母总RNA的纯化 ?替代方案:用锁相胶纯化RNA 10.E.coli RNA的纯化 11.从单细胞和少量组织中分离和扩增RNA ?替代方案:组织切片中RNA的原位转录 ?附加方案:切片的吖啶橙染色 12.RNA通用参考集PART Ⅱ 标记和杂交 导言 方案 13.用反转录酶进行cDNA链的荧光标记 ?替代方案:荧光标记的cDNA的纯化和浓缩(Microcon YM-30) 14.用氨基烯丙基染料对DNA进行间接荧光标记 15.用于为筛选DNA微阵列筛选产生靶序列的mRNA制备物的扩增 ?附加方案:标记aRNA 16.用于表达分析的少量mRNA的扩增 17.用E.coli DNA聚合酶的Klenow片段标记第二链DNA ?替代方案:用E.coli DNA聚合酶的Klenow片段标记基因组DNA 18.用生物素化核苷标记扩增RNA来与寡核苷酸阵列杂交 ?附加方案:生物素化cRN的段化 19.未掺入的Cy染料的回收:使用HPLC重新纯化 20.杂交和杂交后洗涤 ?附加方案:微阵列玻片的叠放疑难解答指南信息栏 Alexa染料 细菌微阵列 用酚抽提蛋白质和DNA 甲酰胺 采用胍盐抽提RNA 动物细胞及组织的匀浆 抑制RNase 哺乳动物、植物和细菌的RNA 测量DNA染料标记的效率 鼠白血病病毒反转录酶 oligo-(dT)纤维素 RNA的定量 RNA操作的特别注意事项 RNA的保存和回收参考文献因特网资源第4章 膜点样cDNA阵列 导言PART Ⅰ 膜阵列的制备和杂交 方案 1.膜阵列的点样 2.RNA的制备和标记 3.靶分子与膜阵列的杂交 ?附加方案:靶分子的清除和膜的重新利用PARTⅡ 数据的分析和解释参考文献因特网资源第5章 组织显微切割 导言PART Ⅰ 徒手显微切割和激光俘获显微切割 导言 方案 1.徒手显微切割 ?替代方案:冰冻组织样品的显微切割 2.激光俘获显微切割 3.免疫-LCM 4.应用于表达分析的显微切割组织的处理PART Ⅱ 激光压力弹 导言 方案 5.准备载玻片用于为LMPC进行组织切片 6.用于LMPC的石蜡包埋组织切片的制备 7.用于LMPC的新鲜冰冻组织切片的制备 8.使用Zincfix固定组织的LPC用于mRNA谱分析 9.使用液体盖玻片保护组织样品 10.激光显微切割和弹后活细胞的分离参考文献因特网资源第6章 基因组微阵列分析 导言PART Ⅰ 微阵列检测DNA拷贝数 导言 方案 1.cDNA微阵列比较基因组杂交 2.制备BAC DNA用于通过连接介导PCR进行CGH 3.BAC 基因组微阵列CGH 4.基于微阵列的DNA拷贝数代表分析:靶DNA制备 5.基于微阵列的DNA拷贝数代表分析:玻片制备及杂交PART Ⅱ 突变检测及SNP基因分型 导言 方案 6.SBE-标签阵列用于SNP基因分型 ?替代方案:为SBE进行多重扩增反应 7.Affymetrix标签阵列用于SBE SNP基因分型 8.高密度微阵列用于序列变异检测 9.SNP阵列用于杂合缺失分析PART Ⅲ 基于微阵列的DNA-蛋白质相互作用检测:微阵列上的染色质免疫沉淀 导言 方案 10.应用阵列对酵母基因组上DNA-蛋白质相互作用作图 11.酵母基因组的DNA-蛋白质相互作用作图:DNA扩增及标记PART Ⅳ SNP序列:作图数据 ?表6-7 多重引物集合:SNP作图数据 ?表6-8 Affymetrix HuSNP芯片中的SNP在图谱上的位置参考文献因特网资源第7章 基因芯片生物信息学简介 导言PART Ⅰ 微阵列表达实验的设计PART Ⅱ 图像分析PART Ⅲ 标准化PART Ⅳ 芯片数据的表示和评价PART Ⅴ LIMS、数据库和数据管理PART Ⅵ 聚类分析与显示PART Ⅶ 多维尺度法和自组织图信息栏 基因注释 在研究人员之间共享微阵列数据参考文献因特网资源第8章 组织微阵列 导言 方案 1.制备组织微阵列 ?附加方案:手工制备组织阵列 2.应用组织阵列进行原位杂交 3.组织阵列上的免疫组织化学 ?替代方案:抗原去隐蔽和胰蛋白酶消化参考文献因特网资源附录 附录1 构建全长基因文库 附录2 试剂、缓冲液和培养基 附录3 注意事项 附录4 供应商DNA微阵列中文版索引原著索引图版
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