畜禽养殖发酵床微生物组多样性 刘波 等 编 专业科技 文轩网

第一章绪论001
第一节微生物发酵床畜禽养殖原理002
第二节发酵床微生物群落研究进展002
第三节细菌群落宏基因组研究进展003
第四节真菌群落宏基因组研究进展011
第二章发酵床微生物组研究方法016
第一节概述017
一、微生物宏基因组学017
二、微生物宏基因组数据分析017
三、微生物宏基因组分析方法017
第二节研究方法018
一、发酵床垫料样本采集及垫料理化性质测定018
二、发酵床垫料的发酵程度等级划分018
三、宏基因组高通量测序018
四、宏基因组测序数据质控019
五、分类操作单元聚类分析019
六、分类操作单元抽平处理019
七、核心微生物组分析019
八、物种分类和丰度分析019
九、样本复杂度分析020
十、显著性差异分析020
第三节发酵床微生物高通量测序与统计工作流程021
一、微生物组高通量测序021
二、短序列去杂021
第四节微生物发酵床细菌分类操作单元分析022
一、发酵床细菌分类操作单元提取022
二、发酵床细菌分类操作单元比对023
三、发酵床细菌分类操作单元抽平处理024
四、发酵床细菌分类操作单元稀释曲线024
五、发酵床细菌分类操作单元群落α-多样性024
六、发酵床部分样本微生物物种谱系演化025
第五节微生物发酵床核心微生物组分析028
一、发酵床微生物组共有OTU数与覆盖样本数关系028
二、微生物发酵床冬季和春季共有和特有微生物组OTU数分析029
三、发酵床微生物组OTU丰度主成分分析029
四、发酵床微生物组OTU秩-多度曲线029
五、发酵床微生物组OTU物种累积曲线030
六、发酵床微生物组OTU分类阶元数量分布030
七、发酵床微生物组OTU丰度柱状图分析031
八、发酵床冬季和春季微生物组OTU丰度柱状图分析031
九、发酵床微生物组OTU物种热图分析032
十、发酵床微生物组OTU物种星图分析033
第六节发酵床微生物组OTUα-多样性种类复杂度分析035
一、发酵床单个样本微生物组OTU种类复杂度分析035
二、发酵床冬季和春季微生物组OTU箱线图分析035
三、发酵床微生物组OTUα-多样性指数秩和检验036
第七节发酵床微生物组OTUβ-多样性种类复杂度分析037
一、发酵床样本间微生物组OTUUniFrac距离037
二、发酵床样本间微生物组OTUUniFrac距离聚类分析038
三、发酵床样本间微生物组OTU主坐标分析038
第八节发酵床微生物组OTU差异性分析040
一、发酵床微生物组OTU差异效应判别分析040
二、发酵床不同分类阶元微生物组OTU差异分析040
三、发酵床属分类阶元微生物组OTU差异分析042
四、发酵床冬季和春季微生物组OTU主成分分析043
第九节发酵床微生物组OTU种类冗余分析043
一、梯度分析043
二、冗余分析结果043
第十节讨论044
一、我国畜禽粪便是农业面源污染的主要来源044
二、微生物宏基因已广泛地应用在微生物生态学的研究上044
三、养猪发酵床微生物宏基因组分析的一个重要问题045
四、发酵床微生物组OTUα-多样性种类复杂度分析045
第三章养猪原位发酵床微生物组多样性046
第一节概述047
一、养殖废弃物处理方式047
二、微生物发酵床技术048
三、发酵床垫料微生物群落053
四、微生物发酵床中的芽胞杆菌054
五、本章的研究目的和意义055
第二节微生物发酵床细菌季节变化多样性055
一、概述055
二、研究方法056
三、微生物发酵床夏冬垫料的高通量测序058
四、微生物发酵床夏冬季节垫料样本与物种关系062
五、讨论066
第三节微生物发酵床不同发酵程度细菌多样性068
一、概述068
二、研究方法068
三、发酵床垫料微生物宏基因组测定069
四、微生物发酵床不同发酵等级垫料样本物种组成分析071
五、微生物发酵床不同发酵等级垫料样本与物种关系074
六、讨论078
第四节微生物发酵床垫料不同深度细菌多样性080
一、概述080
二、研究方法081
三、垫料微生物组分析081
四、微生物发酵床不同深度垫料样本物种分析082
五、讨论088
第五节微生物发酵床猪粪降解过程细菌多样性090
一、概述090
二、研究方法090
三、发酵床垫料的理化性质092
四、发酵床垫料的高通量测序/093
五、微生物发酵床细菌群落多样性/093
六、讨论/098
第四章养猪饲料发酵床微生物组多样性/100
第一节饲料发酵床不同深度垫料细菌分类阶元群落分化/101
一、概述/101
二、不同深度垫料细菌微生物结构/102
三、不同深度垫料细菌门菌群分化/106
四、不同深度垫料细菌纲菌群分化/109
五、不同深度垫料细菌目菌群分化/114
六、不同深度垫料细菌科菌群分化/122
七、不同深度垫料细菌属菌群分化/129
八、不同深度垫料细菌种菌群分化/137
九、讨论/144
第二节饲料发酵床细菌属微生物组垂直分布特征/146
一、概述/146
二、细菌属垫料垂直分布优势菌群/146
三、细菌属垫料垂直分布生境相关性/149
四、细菌属垫料垂直分布生境多样性/149
五、细菌属垫料垂直分布生境生态位宽度/149
六、细菌优势属垫料垂直分布生境生态位重叠/150
七、细菌属垫料垂直分布亚群落分化/151
八、讨论/159
第三节饲料发酵床芽胞杆菌垂直分布特征/161
一、概述/161
二、芽胞杆菌种类鉴定/161
三、芽胞杆菌种群结构/165
四、饲料发酵床生境相关性/168
五、饲料发酵床生境生态位宽度与重叠/170
六、芽胞杆菌种群饲料发酵床生境垂直分布生态学特征/172
七、讨论/184
第四节饲料发酵床对猪重要细菌性病原的抑制作用/187
一、概述187
二、主要猪细菌性病原的特性188
三、饲料发酵床猪细菌性病原菌检测190
四、饲料发酵床检出的猪细菌性病原种类分布动态191
五、饲料发酵床检测出的猪病细菌属分布动态206
六、讨论214
第五章发酵床猪肠道与皮毛微生物组多样性220
第一节不同养猪模式猪肠道微生物组异质性221
一、概述221
二、饲料发酵床与传统养猪肠道微生物组比较223
三、饲料发酵床与传统养殖猪肠道菌群生态学特性315
四、饲料发酵床与传统养猪肠道病原菌组成结构328
五、讨论330
第二节不同养猪模式猪皮毛菌群微生物组异质性330
一、概述330
二、饲料发酵床与传统养殖猪皮毛微生物组比较334
三、饲料发酵床与传统养殖猪皮毛菌群生态学特性比较382
四、饲料发酵床与传统养殖猪皮毛病原菌组成结构394
五、讨论397
第六章养牛原位发酵床微生物组多样性399
第一节概述400
一、牛发酵床的制作与应用400
二、养牛发酵床垫料二次发酵回用技术402
三、养牛发酵床防病效果研究403
四、养牛发酵床微生物菌群研究403
五、发酵床对养牛污染治理的作用404
六、发酵床养牛生长性能比较405
第二节养牛原位发酵床细菌群落研究方法406
一、养牛发酵床垫料细菌多样性的研究方法406
二、养牛发酵床不同牧场细菌微生物组异质性的研究方法408
三、养牛发酵床垫料细菌微生物组垂直分布异质性的研究方法410
四、养牛发酵床垫料湿度对细菌微生物组影响的研究方法412
第三节不同牧场养牛发酵床细菌微生物组异质性414
一、养牛发酵床细菌门菌群异质性414
二、养牛发酵床细菌纲菌群异质性423
三、养牛发酵床细菌目菌群异质性438
四、养牛发酵床细菌科菌群异质性452
五、养牛发酵床细菌属菌群异质性471
六、养牛发酵床细菌种菌群异质性481
七、讨论491
第四节养牛发酵床细菌微生物组垂直分布异质性492
一、概述492
二、不同垫料深度细菌菌群统计492
三、不同垫料深度细菌菌群结构492
四、细菌属垂直分布优势种495
五、基于细菌属垂直分布的垫料生境相关性498
六、基于细菌属垂直分布的垫料生境多样性498
七、基于细菌属垂直分布的垫料生境生态位宽度499
八、基于细菌优势属垂直分布的垫料生境生态位重叠500
九、养牛发酵床垂直分布垫料生境细菌属亚群落分化501
十、讨论510
第五节养牛发酵床垫料芽胞杆菌垂直分布异质性512
一、概述512
二、芽胞杆菌种类鉴定512
三、芽胞杆菌种群结构515
四、基于芽胞杆菌的养牛发酵床垫料生境的相关性515
五、基于芽胞杆菌的养牛发酵床垫料生境的多样性516
六、芽胞杆菌种群生态位宽度516
七、芽胞杆菌种群生态位重叠518
八、芽胞杆菌亚群落分化520
九、讨论522
第六节养牛发酵床垫料湿度对细菌微生物组的影响524
一、概述524
二、不同湿度垫料细菌微生物组共有种类统计525
三、不同湿度垫料细菌菌群结构525
四、不同湿度垫料优势细菌菌群527
五、不同湿度细菌属亚群落分布533
六、讨论546
第七章养羊原位发酵床微生物组多样性547
第一节概述548
一、养羊原位发酵床除臭技术548
二、养羊原位发酵床的技术优势548
三、养羊异位发酵床技术进展549
第二节养羊原位发酵床细菌种群宏基因组检测550
一、概述550
二、发酵床细菌分类阶元数量550
第三节养羊原位发酵床垫料细菌门菌群异质性550
一、发酵床细菌门组成550
二、发酵床细菌门共有种类和专享种类552
三、发酵床细菌门优势菌群差异性553
四、发酵床细菌门菌群聚类分析554
第四节养羊原位发酵床垫料细菌纲菌群异质性556
一、发酵床细菌纲组成556
二、发酵床细菌纲共有种类和专享种类559
三、发酵床垫料发酵细菌纲多样性指数变化559
四、发酵床细菌纲优势菌群差异性560
五、发酵床细菌纲菌群聚类分析561
第五节养羊原位发酵床垫料细菌目菌群异质性564
一、发酵床细菌目组成564
二、发酵床细菌目共有种类和专享种类569
三、垫料发酵过程细菌目优势菌群的变化570
四、发酵床细菌目优势菌群差异性571
五、发酵床细菌目菌群聚类分析574
第六节养羊原位发酵床垫料细菌科菌群异质性579
一、发酵床细菌科组成579
二、发酵床细菌科共有种类和专享种类587
三、垫料发酵过程细菌科优势菌群的变化587
四、发酵床细菌科优势菌群差异性589
五、发酵床细菌科菌群聚类分析596
第七节养羊原位发酵床垫料细菌属菌群异质性604
一、发酵床细菌属组成604
二、发酵床细菌属共有种类和专享种类622
三、垫料发酵过程细菌属优势菌群的变化622
四、发酵床细菌属优势菌群差异性624
五、发酵床细菌属菌群聚类分析639
第八节养羊原位发酵床垫料细菌种菌群异质性647
一、发酵床细菌种组成647
二、发酵床细菌种共有种类和专享种类653
三、垫料发酵过程细菌种优势菌群的变化653
四、发酵床细菌种优势菌群差异性659
五、发酵床细菌种菌群聚类分析661
第八章异位发酵床微生物组多样性670
第一节异位发酵床微生物组研究671
一、样本采集与数据分析671
二、微生物种类多样性分析679
三、微生物种类稀释曲线分析680
四、微生物种类热图分析681
五、微生物种类成分分析690
六、异位发酵床细菌丰度结构717
七、微生物种类韦恩图分析721
第二节异位发酵床细菌群落多样性765
一、细菌群落数量（read）分布多样性765
二、细菌群落种类（OTU）分布多样性823
三、细菌相对丰度分布多样性878
参考文献929