醉染图书基因定位与育种设计(第2版)9787030650825

章遗传研究群体1

1.1遗传研究的常见群体类型1

1.1.1双亲群体1

1.1.2多亲群体3

1.1.3创建遗传群体的若干注意事项6

1.2基因型数据的初步整理和分析8

1.2.1基因型数据的获取和编码8

1.2.2基因频率和基因型频率13

1..基因型频率的适合检验13

1.3基因效应和遗传方差15

1.3.1群体均值和表型方差的计算15

1.3.2单基因座位上的加显遗传模型17

1.3.3单基因座位上的遗传方差18

1.4单环境表型观测值的方差分析20

1.4.1表型值的线分解20

1.4.2表型离差平方和的分解20

1.4.3水稻粒长状的单环境方差分析

1.5多环境表型观测值的方差分析24

1.5.1表型值的线分解24

1.5.2表型离差平方和的分解25

1.5.3水稻粒长的多环境方差分析29

1.6基因型值和广义遗传力的估计29

1.6.1单环境基因型值和遗传力的估计29

1.6.2多环境基因型值和遗传力的估计30

1.6.3异质误差方差下基因型值的估计31

练习题34

第2章两个座位间重组率的估计38

2.1世代转移矩阵38

2.1.1世代转移矩阵的定义38

2.1.2回交世代转移矩阵39

2.1.3自交世代转移矩阵41

2.1.4加倍单倍体世代转移矩阵43

2.1.5连续自交的世代转移矩阵44

2.1.6基因型理论频率的矩阵表示46

2.2两个座位上各种基因型的理论频率46

2.2.110种基因型的理论频率46

2.2.2群体中4种纯合基因型的理论频率50

2..两个共显标记在暂时群体中基因型的理论频率50

2.2.4一个共显标记和一个显标记在暂时群体中基因型的理论频率53

2.2.5一个共显标记和一个隐标记在暂时群体中基因型的理论频率53

2.2.6两个显标记在暂时群体中基因型的理论频率53

2.2.7一个显标记和一个隐标记在暂时群体中基因型的理论频率58

2.2.8两个隐标记在暂时群体中基因型的理论频率58

.两个标记/基因座位间重组率的估算61

..1DH群体中重组率的极大似然估计61

..2重组率极大似然估计的一般形式63

..F2群体一个显座位和一个显座位间的重组率估计65

..4Newton迭代算法中初始值的选取66

..5F2群体中重组率估计的EM算法67

..奇异分离对重组率估计的影响69

练习题70

第3章三点分析和连锁图谱构建74

3.1三点分析和作图函数74

3.1.1遗传干涉和干涉系数74

3.1.2作图函数76

3.2遗传连锁图谱的构建78

3.2.1标记分群算法78

3.2.2标记排序算法80

3..标记顺序的调整83

3.2.4多个遗传连锁图谱的整合84

3.3不同群体重组率估计的比较85

3.3.1不同遗传群体中检验连锁的LOD统计量86

3.3.2不同遗传群体中重组率估计的准确度87

3.3.3不同遗传群体检测到显著连锁所需的样本量88

3.4随机交配群体的连锁分析91

3.4.1随机交配与连锁不平衡91

3.4.2基因型到配子的转移矩阵93

3.4.3随机交配若干代的配子型和基因型频率94

练习题96

第4章单标记分析和简单区间作图99

4.1单标记分析88

4.1.1单标记基因型均值的差异分析100

4.1.2两种基因型群体中单标记分析的t检验101

4.1.33种基因型群体中单标记分析的t检验103

4.1.43种基因型群体中单标记方差分析106

4.1.5单标记分析的似然比检验107

4.1.6单标记分析存在的问题108

4.2简单区间作图109

4.2.1区间标记型中TL基因型的频率109

4.2.2TL基因型平均表现的极大似然估计114

4..TL存在的检验118

4.2.4TL遗传效应和贡献率的估计119

4.2.5区间作图在一个DH群体和一个F2群体中的应用120

4.2.6简单区间作图中的幻影TL现象122

4.2.7简单区间作图存在的问题1

4.3检验统计量LOD临界值的确定方法1

4.3.1显著水平和检验统计量的临界值124

4.3.2不存在TL的零设条件个扫描位置上LRT统计量的分布125

4.3.3单条染色体上大LOD统计量分布的影响因素126

4.3.4全基因组有效检验次数与经验LOD临界值129

4.3.5排列检验与经验LOD临界值132

练习题135

第5章完备区间作图方法139

5.1控制背景遗传变异的重要139

5.2DH群体的完备区间作图141

5.2.1单个TL的加遗传模型141

5.2.2多个TL的加遗传模型143

5..加TL的一维扫描和设检验144

5.2.4ICIM在一个大麦DH作图群体中的应用145

5.3F2群体的完备区间作图148

5.3.1单个TL的加显遗传模型148

5.3.2多个TL的加显遗传模型151

5.3.3加显TL的一维扫描和设检验152

5.3.4ICIM在一个F2作图群体中的应用153

5.4设检验的第二类错误与TL的检测功效155

5.4.1第二类错误和设检验的功效155

5.4.2第二类错误概率与适宜的样本量157

5.4.3模拟试验中TL的分布和效应模型159

5.4.4TL检测功效和错误发现率的计算160

5.5完备区间与简单区间两种作图方法的比较165

5.5.1简单区间作图的TL检测功效165

5.5.2完备区间作图的TL检测功效166

5.5.3依标记区间的检测功效的统计167

5.5.4TL作图群体的适宜大小168

5.6避免表型对标记变量的过拟合169

练习题171

第6章互作TL作图174

6.1DH群体中上位型互作TL作图174

6.1.1互作TL作图的线回归模型及其统计学质174

6.1.2互作TL的二维扫描区间作图176

6.1.3连锁和互作同时存在时群体遗传方差的计算180

6.1.4利用DH群体定位互作TL的模拟研究181

6.2F2群体的上位型互作TL作图183

6.2.1F2群体中两个座位的上位型互作遗传模型183

6.2.2F2群体的互作TL作图184

6..F2群体互作TL的检测功效分析189

6.3常见互作类型的遗传分析和检测功效191

6.3.1两个互作座位间遗传效应的计算191

6.3.2两个互作座位间遗传方差的分解192

6.3.3互作TL检测功效的模拟196

6.3.4互作TL作图应注意的一些问题200

6.4TL与环境间的互作分析200

6.4.1加TL与环境的互作分析200

6.4.2加加上位TL与环境的互作分析202

6.4.3一个真实RIL群体的TL与环境互作分析204

练习题206

第7章杂合亲本杂交及纯系亲本双交的遗传分析209

7.1两个杂合亲本杂交F1群体的连锁分析209

7.1.1单个标记或基因座位的分类209

7.1.2两个座位的亲本连锁相与后代基因型211

7.1.3两个完全信息标记之间的重组率估计212

7.1.4杂合亲本的单倍型重建214

7.2包含不完全信息标记的重组率估计216

7.2.1类型Ⅰ与类型标记的后代基因型构成216

7.2.2类型Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ标记间的后代基因型构成219

7..两个类型Ⅳ标记之间的后代基因型构成220

7.2.4包含各种类型标记的单倍型重建2

7.34个纯系亲本双交F1群体的连锁分析225

7.3.1双交群体中的标记类型和重组率估计225

7.3.2双交群体与杂合亲本杂交群体的等价227

7.3.33个完全信息标记的基因型频率229

7.3.4不完全信息标记和缺失标记的填补0

7.44个纯系亲本双交F1群体的基因定位

7.4.1单个TL遗传模型

7.4.2多个TL表型对标记的线回归模型5

7.4.3双交群体的完备区间作图

练习题

第8章多亲本杂交衍生纯系后代群体的遗传分析241

8.1四亲纯系后代群体的连锁分析241

8.1.1四亲纯系群体的产生过程和标记分类241

8.1.2两个完全信息座位的基因型理论频率与重组率估计243

8.1.3包含不完全信息标记间的重组率估计248

8.1.4纯系亲本个数少于4的情形251

8.2八亲纯系后代群体的连锁分析251

8.2.1八亲纯系群体的产生过程251

8.2.2标记分类方法和后代基因型编码252

8..两个完全信息座位的基因型理论频率253

8.2.4完全信息标记间及包含不完全信息标记的重组率估计256

8.2.5纯系亲本个数少于8的情形257

8.3四亲纯系后代群体的基因定位258

8.3.13个完全信息座位的遗传构成258

8.3.2不完全信息标记和缺失标记的填补261

8.3.3表型对标记变量的线回归模型262

8.3.4四亲纯系后代群体的完备区间作图264

8.4八亲纯系后代群体的基因定位267

8.4.13个完全信息座位的遗传构成267

8.4.2表型对标记变量的线回归模型272

8.4.3八亲纯系后代群体的完备区间作图273

练习题275

第9章类型群体的基因定位279

9.1选择基因型分析和混合分离分析279

9.1.1选择基因型分析的统计学原理279

9.1.2选择基因型分析的似然比检验和LOD统计量281

9.1.3混合分离分析282

9.1.4选择基因型分析和混合分离分析存在的问题282

9.2染色体片段置换系群体的TL作图282

9.2.1染色体片段置换系群体的特点282

9.2.2染色体片段置换系群体的TL定位方法284

9..一个水稻染色体片段置换系群体中粒长状的TL作图288

……