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音像蛋白质结合位点预测及辅分子对接邱智军
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章绪论0011.1引言0011.2蛋白质结构与功能0041.2.1一级结构0041.2.2二级结构0061..三级结构0061.2.4四级结构0071.2.5蛋白质稳定001.2.6蛋白质结构分析0081.2.7蛋白质结构稳定分析0091.2.8蛋白质功能0091.3配体-受体相互作用原理0101.3.1受体-配体结合的关键点0101.3.2结合过程理论模型0101.3.3配体-受体相互作用的物理学质0131.4蛋白质结合位点预测研究现状0181.4.1蛋白质-蛋白质和蛋白质-配体结合位点的比较0191.4.2蛋白质-配体结合位点预测0201.4.3蛋白质-蛋白质结合位点预测0291.5本研究的主要工作0331.5.1基于氨基酸组成偏好的配体结合口袋识别方法0341.5.2使用随机森林方法进行蛋白质结合位点的预测0341.5.3残基聚类方法及其对蛋白质结合位点预测的应用0351.5.4蛋白质结合位点预测辅分子对接035第2章基于氨基酸组成偏好的配体结合口袋识别方法0372.1引言0372.2基于全局口袋氨基酸组成偏好的配体结合口袋识别方法0382.2.1材料与方法0382.2.2结果与讨论046.基于局部口袋氨基酸组成偏好的配体结合口袋识别方法051..1材料与方法051..2结果与讨论0532.4本章小结057第3章使用随机森林方法进行蛋白质结合位点的预测0583.1引言0583.1.1单棵树生长方法0583.1.2自法重采样0593.1.3随机森林算法0593.2基于单块残基属定义模型的蛋白质-配体结合位点预测0613.2.1材料与方法0613.2.2结果与讨论0663.3基于多块残基属定义模型的蛋白质-蛋白质结合位点预测0683.3.1材料与方法0683.3.2结果与讨论0733.4本章小结079第4章基于数据聚类的蛋白质结合位点识别0814.1引言0814.2简单迭代方法优化蛋白质-配体结合位点识别0854.2.1随机森林0864.2.2验方法0864..残差表示模型0874.2.4阈值调整方法0874.2.5迭代法0874.2.6实验结果与分析0884.3基于协方差行列式(MCD)和马氏距离的蛋白质-蛋白质结合位点识别0914.3.1数据集0934.3.2残基模型和评价指标0934.3.3MCD计算、马氏距离和鲁棒距离0944.3.4随机森林0954.3.5交叉验和独立测试0964.3.6实验结果与分析0964.4基于随机森林邻近距离的蛋白质-蛋白质结合位点识别1014.4.1数据集1034.4.2残基模型1034.4.3随机森林1044.4.4距离度量1044.4.5数据过滤与评价1054.4.6邻近距离优化1064.4.7实验结果与分析1074.5本章小结113第5章蛋白质结合位点预测及辅分子对接1155.1引言1155.1.1分子对接方法分类1165.1.2目前面临的主要问题1165.2结合位点预测信息前端使用辅蛋白质-配体对接1175.2.1材料与方法1175.2.2结果与讨论1205.3结合位点预测信息后端使用辅蛋白质-蛋白质对接1225.3.1材料与方法15.3.2结果与讨论1285.4本章小结135第6章总结与展望1366.1研究工作总结1366.2未来研究展望138参考文献140
本书介绍了精度和效率更高的基于计算的蛋白质结合位点识别方案,可为蛋白质结构与功能、计算机辅药物设计等方向的相关研究与开发人员提供参考。
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